Ион аммония – это результат минерализации азота. Органически связанный азот (как, например, в белках) в остатках еды и экскрементах трансформируется бактериями, расщепляющими белки, и высвобождается в виде неорганических ионов аммония. В зависимости от значения рН между ионами аммония, NH₄⁺, и аммиаком, NH₃, в воде существует равновесие. Если значение рН меньше 7, ионы аммония доминируют, тогда как при рН больше 7 встречается все больше и больше аммиака. Аммиак очень опасен, потому что он затрудняет дыхание аквариумных животных. Он легко проникает в клетки существ, что повышает уровень рН и блокирует их жизненные функции . Ион аммония – это источник азота для аквариумных растений.

В здоровом, хорошо подготовленном резервуаре ионы аммония быстро окисляются нитрифицирующей бактерией из нитрита в нитрат. В случаях, когда данный процесс бывает прерван, может произойти мгновенное увеличение концентрации ионов аммония.

В нормальных условиях в пресной воде нормальной считается общая концентрация аммиака/аммония 0.1 мг/л, а верхняя граница в 0.5 мг/л не должна быть превышена. В морской воде общая концентрация аммиака/аммония должна быть ниже 0.05 мг/л; это не должно открываться с помощью теста.

Ключевой является общая концентрация аммиака, являющаяся результатом общей концентрации аммиака/аммония в зависимости от температуры и значения рН. Общие значения NH₃ показаны на следующей диаграмме.